Blavatsky fue hija de Peter von Hahn, un coronel de origen alemán establecido en Rusia y de Helena de Fadéyev, hija de una familia de la nobleza rusa, que trabajó como novelista. Por parte materna, era nieta de la princesa Helena Dolgorúkov, botánica y escritora. Después de la prematura muerte de su madre en 1842, Helena creció bajo los cuidados de sus abuelas en Sarátov, donde su abuelo se desempeñaba como gobernador. Helena mostró talento como pianista y según testimonios de algunos contemporáneos, estaba dotada de ciertos poderes psíquicos o sobrenaturales. Desde muy pronto se mostró interesada en el esoterismo, y leyó algunas obras de la biblioteca personal de su bisabuelo, que había sido iniciado en la masonería a finales del siglo xviii. A los diecisiete años, en 1848, Helena se casó con Nikífor Vasílievich Blavatsky, vicegobernador de la provincia de Ereván, en Armenia, que tenía cuarenta años. Helena aceptó casarse para poder ganar independencia, aunque según ella, nunca consumó su unión. Tras tres meses de infeliz matrimonio, tomó un caballo y escapó de la casa cruzando las montañas, para ir a la casa de su abuelo en Tiflis. Según cuenta ella, inició una serie de viajes por diversos países, tales como Egipto, Turquía y Grecia, entre otros. En algunos de estos viajes, estuvo acompañada por Albert Rawson, un explorador naturalista de los Estados Unidos también interesado en el esoterismo y que era miembro de la masonería. Ella cuenta que con veinte años, en 1851, estaba con su padre en Londres y que allí tuvo su primer encuentro con el que sería su maestro, que ella reconoció por sueños y visiones que tuvo durante su infancia. Este maestro sería un iniciado oriental Rajput, Mahatma M. (o Maestro Morya), como es conocido entre los teósofos. Tal como ella cuenta en el mismo año, Blavatsky se embarcó para Canadá y más adelante viajó por varias partes de los Estados Unidos, México, Sudamérica y la India. Su primera tentativa para entrar en el Tíbet falló, y volvió entonces a Inglaterra, pasando de camino por Java.